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饮用氢水的吸收部位主要通过胃肠道。通过喝氢水，人体消化道摄取氢气的速度非常快，对消化道等问题改善较为明显。
在《富氢水对健康影响的定性循证研究》中提到
人群试验研究表明：
富氢水可降低人群血清氧化应激水平，可预防潜在的代谢综合征；可降低人群肝脏脂肪含量；有助于降低糖尿病患者体内氧化应激水平，并可使糖耐量异常患者趋于正常；可降低化疗患者体内活性氧代谢产物，并且不影响肿瘤治疗效果；可有效改善人群肠道菌群丰富性和多样性。
动物实验研究表明：
富氢水可减少动物神经损伤及细胞凋亡情况，降低脑内氧化应激水平；改善代谢综合征异常表现；改善肝脏疾病；减轻肾脏炎症反应；减轻肺部炎症。
这些研究成果多与消化系统疾病、代谢疾病等相关！
氢气通过氢水从口腔，食管，通过简单扩散进入胃肠道粘膜内，然后通过胃肠道粘膜下毛细血管进入血液，随着血液循环通过门静脉入肝脏，然后经过下腔静脉反流到右心。随后在肺内经过交换，部分氢气会扩散到肺，经过呼吸释放到空气，剩余的氢气经过血液循环在全身扩散，发挥氢气的生物医学作用。而且喝氢水后进入肠道，除了发挥氢气的作用外，同时还可以调控肠道菌群，这是吸氢不具备的效果。
消化系统疾病和氢
氢气治疗胃炎、胰腺炎和溃疡性结肠炎的文章目前有很多，应该说，通过氢水口服、摄入氢气，整个消化道的黏膜细胞问题都会通过吸收氢气来逐渐好转，最终达到完全修复的目标，这样可以从根本上预防大部分消化系统肿瘤问题的发生，作为一种简单安全的氢气摄入方式，饮用氢水可能是最方便的消化系统肿瘤预防手段。
对于饮用氢水对各类消化道炎症的治疗，目前还缺乏大规模的人群证据，虽然目前个案反馈比较多（很多人反应喝了氢水胃很少疼、腹痛腹泻也减轻了很多），但是初步估计，仅仅通过饮用氢水来治疗这些疾病，可能需要比较长的时间才能达到康复的目标，而且饮用过程中可能还会出现胃酸分泌过多、便秘腹泻加重的情况，如果可以理解这些属于身体的调整反应，经过一段时间会好转，可能就会坚持应用氢水最终获得疾病康复。
日本学者证实长寿人群的肠道菌群的产氢能力要强于普通人，还有专家证实氢可以调控肠道菌群的基因表达，这些研究结果提示我们，饮用氢水的医学效应可能因为与肠道菌群相互作用而发生，无论如何，如果氢能够影响肠道菌群的分布和活性，就可能从根本上调整失控的肠道内环境，帮助人体恢复健康，这对于树立氢气的医学地位来说是有利的证据。
