微生物群滋养性免疫通过抑制肠道有害细菌、真菌的定植和异常扩张，在维持人体肠道微生物稳态、正常肠上皮细胞完整性及重塑宿主免疫系统中发挥了极其重要的作用。
肠道微生物稳态的破坏及致病微生物的异常扩张，所介导的炎症微环境及免疫功能异常已被反复证实与结直肠癌的发生发展具有紧密的联系。
研究已经证实，肠道微生物群落多样性的破坏是结直肠癌发生的早期生物学特征之一。肠道健康与人体健康息息相关，维持肠道健康的关键是肠道菌群的多样性和适合的丰度。
大量研究认为肠道微生物群塑造了人体免疫系统，且人体宿主已进化出了一种由专性厌氧细菌发酵纤维而产生保持肠道微生物群落多样性的策略，这被微生物学家定义为微生物群滋养性免疫（MNI）。
肠道感染病原微生物、临床应用抗生素、重度营养不良、肠梗阻和腹盆腔放疗等均可影响肠道菌群的平衡和菌群的多样性变化。伴随着肠道菌群稳态的持续恶化，微生物群滋养性免疫被极大的削弱，各种有害细菌及真菌在肠道内开始大量的定植和扩张，导致肠道炎症的持续进展，肠上皮细胞在持续的炎症微环境中逐渐发生恶性转化。
消化系统的细菌数量约有万亿，这些细菌的作用包括调节免疫系统、消化食物以及制造一些人体代谢功能不可或缺的物质，肠道的微生物群系会影响肥胖症、糖尿病及结直肠癌等恶性肿瘤等许多疾病。
健康人体肠道中定植着多种共生微生物群落，包括细菌、真菌等，肠道菌群多样性的稳定是维持机体肠道健康的重要条件。
人类肠道因其特殊的生理结构及无氧发酵的消化过程，致肠道菌群以专性厌氧微生物为优势菌落，而兼性厌氧微生物及需氧微生物属于劣势菌落。肠道微生物群落多样性促进了人类肠道微生物群滋养性免疫的形成，即肠道的非特异性免疫系统。
肠道微生物群滋养性免疫的形成可抑制致病细菌、有害真菌的定植和扩张，助力肠道微生物的相对稳定。肠道微生物群滋养性免疫的削弱在炎症相关性肠病、溃疡性结肠炎、结直肠癌等疾病的发生发展中都具有重要的贡献。肠道微生物群落的多样性促进了微生物群滋养性免疫的形成，并维持其生物学功能的正常，同时正常的肠道微生物群滋养性免疫是重塑肠道菌群的重要调控手段。
维持肠道微生物群稳态、保护肠上皮功能完整、抑制肠道炎症微环境形成、重塑宿主免疫功能，进而抑制炎症性肠病及结直肠癌的发生发展。微生物群滋养性免疫是微生物群与宿主之间形成的一种特有“免疫模式”，是肠道对致病微生物的重要防御系统，与结直肠癌的发生发展关系密切。
临床检测动态的评估高危者肠道微生物群分类、肠上皮功能完整度、肠道炎症评分、免疫功能就显得十分必要了。
健康的肠上皮细胞能够通过短链脂肪酸（SCFAs）、纤维素（CE）等有益微生物的代谢产物激活其细胞内的过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPAR-γ）通路，从而维持了肠道专性厌氧菌的主导地位，这在维持肠道微生物稳态及维持肠上皮完整抑制结直肠癌的发生发展中发挥了重要作用。
健康的肠上皮细胞通过PPAR-γ通路降低肠道微环境中亚硝酸盐等有害物质的含量，通过T-reg细胞发挥抑制肠道炎症的作用，这些作用同样在维持肠道微生物稳态及抑制结直肠癌发生发展中具有积极的效应。
当人类肠道微生物群滋养性免疫弱化，肠道微生物群稳态严重破坏，兼性厌氧肠杆菌科的扩张及专性厌氧菌减少，不能提供有益于宿主的功能，最终破坏宿主肠上皮细胞的完整性，诱发炎症性肠病和结直肠癌的发生和进展。
肠道多样化的菌群有助降低抗药性细菌发炎的风险。要维持丰富多样的菌群，应食用富含益生菌的食物，酸奶可能含有益生活菌对健康有益。日常饮食盐分过高，对菌群的多样性会有负面影响。服用抗生素后，肠道的菌种生态系统会有所改变。年长者也可能患上艰难梭菌感染，甚至可能有致命。
如果确认肠道发生病原微生物感染并因此必须服用抗生素，建议可同时服用益生菌。对于长期出现腹泻问题，就意味着肠道生态系统并不健康。关于益生菌以及益生菌如何影响身体和疾病的研究方法也各异，因此目前没有足够证据显示一般人应该把益生菌与益生元当做例行保健品。
改善肠道健康可开始日常吃酸奶，确保日常饮食健康均衡，且包含足够可溶性纤维（苹果、紫薯等），少吃包括防腐剂的高度加工食品（火腿肠等），减少日常饮食中的盐分，确保自己睡眠充足，培养有氧运动习惯。
研究表明，粪菌移植可助人体肠道微生物群恢复正常。尤其是肠道艰难梭菌感染，这种细菌会导致严重的腹泻和腹痛，如果不及时治疗，很快就会危及生命。这种情况通常是由于抗生素破坏了肠道内细菌的正常平衡，导致艰难梭菌等“坏”细菌不受抑制地繁殖，对肠道造成严重破坏而引发的。
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