肠炎的临床症状主要是腹泻、呕吐、血便、黑粪症、体重减轻和厌食等。
1.急性肠炎
急性肠炎的症状包括腹泻、呕吐、脱水、发热、厌食、沉郁、吠叫和腹部疼痛（不是所有症状都存在）。幼龄动物可出现低体温、低血糖和昏迷。
2.细小病*性肠炎
犬、猫细小病*肠炎临床症状主要是沉郁、厌食、呕吐、腹泻和血便等，并非所有症状都要在一只动物身上体现，尤其是疾病的初期。炎症可能还会继发蛋白丢失性肠病，从而出现低白蛋白血症。由于病*会影响骨髓干细胞，从而导致中性粒细胞减少，继发细菌感染，因此动物可能出现发热。严重病例可导致SIRS、败血症和死亡。
3.冠状病*性肠炎
犬冠状病*（CCV）与细小病*感染不同的是，肠隐窝保持完整，骨髓细胞不被感染，因此症状比细小病*感染轻，较少出现出血性腹泻、败血症和死亡。
猫冠状病*（FCV）很少引起临床症状，可能导致幼猫轻度、暂时性的腹泻和发热。
4.细菌性肠炎
弯曲杆菌主要症状包括：黏液样腹泻、厌食、发热等；沙门氏菌病在犬猫疾病诊断中不常见，可引发动物的急性/慢性腹泻、败血症、突然死亡，尤其幼年或老年动物，幼龄动物沙门氏菌病症状与细小病*性肠炎及其类似。
5.寄生虫性肠炎
临床症状有腹泻、血便、生长发育迟缓、被毛粗乱和腹围增大等。有些绦虫感染的动物可以发现脱落的绦虫节片污染动物的肛周。鞭虫感染时可出现高钾血症和低钠血症，类似肾上腺皮质机能减退。钩虫感染的动物更容易出现失血引发的缺铁性贫血，可能观察到黑粪症。
6.急性结肠炎
症状主要是大肠性腹泻特征，即出现便血、黏液和里急后重，精神状态和食欲通常良好，很少发生呕吐。